Infecções intestinais
Alimentos e água que ingerimos podem estar contaminados com vírus ou bactérias patogênicas. Alguns podem sobreviver e se multiplicar no aparelho digestivo, causando infecções. Alguns vírus causam, na mucosa do estômago e do intestino, inflamações denominadas gastrenterites, cujos principais sintomas são dor de barriga, diarréia e náuseas.
Bactérias do grupo das salmonelas (freqüentes em carne de frango e em ovos mal cozidos), podem se instalar no intestino e causar dores abdominais intensas, diarréias e febre. Pessoas saudáveis se recuperam em poucos dias, mas crianças e pessoas idosas podem morrer se não receberem cuidados médicos adequados.
A cólera e a febre tifóide causam epidemias com altos índices de mortalidade em conseqüência da desidratação e a perda de sais minerais, decorrentes da diarréia. O tratamento é feito com antibióticos e o doente deve ingerir muita água fresca e soluções salinas.

Vômito
Quando comemos ou bebemos demais ou a comida ingerida está deteriorada, o encéfalo põe em ação um sistema de emergência para eliminar o conteúdo estomacal: o vômito. Contrações da musculatura abdominal pressionam o estômago, fazendo com que o conteúdo estomacal suba pelo esôfago, saindo pela boca. O gosto ácido característico do vômito é decorrente do suco gástrico que está misturado ao alimento. 

Diarréia
É um processo em que a pessoa defeca várias vezes em um curto intervalo de tempo, devido ao aumento dos movimentos peristálticos intestinais. A diarréia leva a rápida eliminação do conteúdo intestinal e pode ocorrer devido a ingestão de alimento deteriorado, por nervosismo ou por alergia a certos tipos de alimentos, entre outras causas. O trânsito intestinal acelerado não dá o tempo necessário à absorção normal da água, resultando em fezes aquosas, podendo levar a desidratação.

Constipação intestinal (ou prisão de ventre)
Ao contrário da diarréia, os movimentos peristálticos estão diminuídos. A causa mais freqüente é a alimentação inadequada, com poucas fibras vegetais. A massa fecal se resseca, devido a sua permanência prolongada no intestino grosso, dificultando a defecação. A prisão de ventre pode ser aliviada pela ingestão de alimentos ricos em fibras não-digeríveis, que aumentam o volume da massa alimentar, estimulando o peristaltismo e a maior velocidade do trânsito intestinal.

Apendicite
Apendicite é uma inflamação do apêndice ileocecal, em forma crônica ou aguda. Esta última manifesta-se por dores agudas na fossa ilíaca direita, mais exatamente no chamado ponto de McBurney.
O Apêndice mede cerca de 8 cm de comprimento por 4 a 8 cm de diâmetro. Sua posição com relação ao ceco varia muito de indivíduo para indivíduo. Em geral, ele se projeta sobre a parede abdominal na altura do ponto de McBurney. O interior do apêndice é revestido por um tecido linfóide semelhante ao das amígdalas.
Ocasionalmente, restos de alimentos ficam retidos na cavidade interna do apêndice cecal, o que pode levar à sua inflamação, causando dores intensas. Sem tratamento, a infecção acaba destruindo a parede, causando uma peritonite, que é a inflamação da membrana que recobre a cavidade abdominal e os órgãos nela contidos. 
O tratamento é feito através da remoção cirúrgica do apêndice inflamado. 
Na figura ao lado, verifica-se um apêndice inflamado após sua extirpação cirúrgica. Se este apêndice perfurasse, é provável que a infecção se estendesse a toda cavidade abdominal, provocando uma peritonite.

Úlceras pépticas
Áreas extensas da parede do tubo digestivo podem ser lesadas pela ação de sucos digestivos, originando feridas (as úlceras pépticas). Ocorrem principalmente no duodeno, no estômago e na porção inferior do esôfago. Quando uma úlcera se aprofunda e atinge a camada muscular há lesão de vasos sanguíneos, o que provoca hemorragias. A lesão pode perfurar toda a parede do tubo digestivo (a úlcera perfurada). Através da qual, bactérias podem atingir a cavidade abdominal, causando inflamação da membrana que envolve as vísceras, o peritônio (peritonite), que pode levar a morte. As úlceras podem ser tratadas com medicamentos que diminuem a acidez estomacal e facilitam a cicatrização. No caso de áreas ulceradas muito extensas, pode ser necessária a remoção cirúrgica da parte lesada.

Distúrbios hepáticos
Um dos constituintes da bile é o colesterol, substância insolúvel em água, mas que, combinada aos sais biliares, forma pequenos agregados solúveis. Em certas condições, no entanto, o colesterol pode se tornar insolúvel, formando pequenos grãos no interior da vesícula biliar; são os cálculos vesiculares (as "pedras na vesícula"). Os cálculos podem bloquear a saída da bile ou percorrer o conduto biliar, causando sensações dolorosas. A concentração de colesterol na bile depende da quantidade de lipídios na dieta. Pessoas que se alimentam de comida muito gordurosa tem maiores chances de desenvolver pedras na vesícula biliar.

Pancreatite
Em situações anormais, o pâncreas pode reter suco pancreático, que ataca suas próprias células. O resultado pode ser uma inflamação do pâncreas (a pancreatite), muitas vezes fatal. A pancreatite pode ser causada por bloqueios do canal de eliminação do suco pancreático ou por alcoolismo.

  Câncer de colo intestinal
Nos países desenvolvidos, esse é um dos casos mais comuns de câncer. Está relacionada com dietas alimentares pobres em fibras. Na falta de fibras, o peristaltismo é mais lento, a mucosa intestinal fica mais tempo em contato com eventuais substâncias cancerígenas presentes nos alimentos.